Hefen sind Pilze und gehören – so wie die Tiere und Pflanzen – zu den sogenannten Eukaryonten.
Sie unterscheiden sich von den Prokaryonten, zu denen Bakterien und Archaeen gehören, vor allem durch einen vorhandenen Zellkern (altgriechisch eu "gut", "echt" und karyon "Nuss", "Kern").

Typische Eukaryonten sind ca. 10-100 mal größer und komplexer aufgebaut als Prokaryonten. Sie besitzen z.B. Zellorganellen (so genannte Kompartimente, die speziellen Aufgaben dienen; auch der Zellkern ist ein Zellorganell) im Zellinneren, und Transportmechanismen zwischen diesen Einheiten, damit die zellulären Abläufe auch über größere Entfernungen innerhalb der Zelle funktionieren können.